之后，广大女学员们的积极性一下子就被调动起来了。她们下了课就泡在了实验室，动物的、植物的、人体身上能够用来观察的东西，都被弄来观察。很快一个个报告纷纷呈送上来，红细胞、白细胞、血小板等等东西接二连三地被发现和命名。甚至，朱徽妍还发现了水里有各种细菌，沈婉发现了蓝藻，冯雪晴发现了变形虫。
甚至，朱由校和皇后也都有斩获，分别发现了上皮细胞和肌肉细胞，从而在生命科学的历史上，留下了名字。
因为李峰先给女子班上的课，因此女子班上的女生们就占了先机。等到男学生们知道了消息的时候，容易观察的东西，都已经被女生们给抢去了。
不过男生们的胆量就是要大得多，办法也要多得多，他们跑到市场上，买了一头猪，将猪分解之后，从头到尾地解剖开来，结果发现了猪身上的各个器官细胞形态各不相同。
更有一个叫做凌晓生的男生，偷偷摸摸地拿了一份稿纸，来到李峰的办公室，畏畏缩缩地问道：“李先生，我这个也……也能算吗？”
李峰接过了那稿纸一看，只见上面画着一只长着长长尾巴的蝌蚪，下面还有详细的说明。
李峰微微地笑了笑，对凌晓生问道：“这是你的？”
凌晓生红了脸，说道：“我的……我也是好奇，就用显微镜看了看，结果发现了好多这种虫子！”
李峰想了想，便拿起一只笔在上面写道：“精子——发现者，凌晓生！”然后他对凌晓生说道：“很好，你这发现很重要，也许涉及到人类生命起源的重大课题。好好的去研究，说不定会有重大发现的。多找一些人或是动物的，对比一下形态、活性、看看有什么区别。”
凌晓生红着脸，高兴地去了。等到这个消息传出去之后，男学生们起码有二百个人后悔的，因为他们也都发现了这东西，不过一个个脸皮都没有这么厚，谁也没有敢说出来。
皇家学院这期的学报内容实在是太丰富了，以至于没有办法完全将那些发现和论文刊登完全，只好发了增刊。这些有了发现的学生们，不仅拿到了学报的稿费，还得到了皇家学院的奖学金。
李峰现在讲课也随意得多了，他只是起一个启发和引导的作用。等到那个学生有了新的发现或是发明之后，他常常对其进行一定的辅导，然后就让这个学生做一个专题的汇报讲座。如此一来，就形成了学生之间相互研究相互探讨相互促进的研究型学习模式。
在这段时间里，朝廷上魏忠贤和东林党的斗争也终于到了最后的关头。东林六君子，在阉党的严刑拷打之下，死活没有承认贪腐之事，魏忠贤碍于李峰在皇帝面前提及过谣言之事，于是便判了几人三千里流放，全都发配到云南贵州和甘肃。
不仅如此，魏公公还翻出了当年的廷击案、红丸案、移宫案，下令逮捕东林党已经致仕回乡的魏大中、顾大章、高攀龙、周起元、缪昌斯等七人。在捉拿的过程中，高攀龙听到东厂的番子已经来要抓捕他的消息，投水而死。其余六人在被捉拿进京之后，大概是为了防止再出现上次被李峰用话堵住的问题，许显纯在这几个人到了大牢之后，只不过用了三天的时间，便直接将他们拷打致死了。此时的时间，是天启五年九月中旬，而原来的历史上，这几个人是在天启六年才被魏忠贤弄死的。
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