江户川·日本警察的救世主·AKA·沉睡的小五郎背后的男人·柯南,他感觉自己遭受了严重的连环诈骗，虽然他的钱包没有缩水，但他的感情受到了接连的伤害。
这一切还要从不久前说起。
他们少年侦探团、阿笠博士及毛利父女在铃木园子的邀请下登上铃木特快列车,同时暗中上车的还有他的母亲以及借住在他家的冲矢昴,后者在几天前告知了他,毛利事务所里有灰原的视频,以及有人使用电脑的事情,是组织的人的可能性很大。
视频中的灰原哀戴着铃木列车的戒指,因此两人认为组织的人很有可能会在车上对雪莉动手,由此提前做好了准备，上车时带了变装道具与染血的防弹衣,以便视情况伪造假死。
这次事件有贝尔摩德参与，虽然有了些许波折，最初的安排被她看破，但柯南在列车上发现了冲着宝石来的怪盗基德和他的助手,事件最终还是完美落幕了。
唯一让柯南难以接受的只有——波本就是安室透。
尽管他没有完全排除安室透的嫌疑,但实话实说，在安室透戴着白手套持枪出现，微笑说出‘波本……这是我的代号’这句话之前,柯南的名单上世良真纯是波本的可能性都在安室透之上。
好与坏的极致反转，让他的大脑都宕机了一下。
仔细回忆安室透这些天的表现，咖啡店员、私家侦探,这两个身份无一不是在认真经营，料理手艺优秀、待人温和情商高，观察能力、逻辑思维能力、推理能力更是无一不精,柯南一直很钦佩他对工作的认真态度,一般人光是把一份工作做到这种程度就已经精疲力尽了,何况是两份。
结果现在告诉他，安室透其实还有一份组织里的工作，并且也完成得相当优秀，毕竟都做到了有代号的程度……
柯南：……
他不理解！
现在的犯罪分子都这么卷了吗？
但是最主要的问题还不是这个。
柯南接受事实后第一时间想起的是一个名字——藤田阳希。
安室透说他住在亲戚家，在外地上大学……事实真的是这样吗？
柯南找到茱蒂，利用FBI的情报网查了藤田阳希的名字，对方的确父母双亡，但是他的邻居里却根本没有一个叫安室透的哥哥，藤田在父母死后不久乘坐一班飞机去了美国，之后杳无音信，几个月后又突然回国，然后在北海道与工藤新一相遇，此时他的身边已经多了一个安室透。
和他们分别后第二天，藤田阳希受伤入院，两处开放性枪伤，身体异常发热却检查不出病因，不久后温度自行恢复，转院到东京，又遇到了工藤新一，然后就是爆炸……
再之后，一班前往欧洲的飞机名单上出现了他的名字，过了几个月回国，期间的踪迹依旧查不到。
不久后对方入学冰帝高中部，第一次考试交白卷倒数第一，第二次却突然到了年级前五十，后来稳步上升，最终稳定在前十，可以说离东大也只有一步之遥。
同年十二月初，对方忽然请假，后来变为长期假期，最终退学，世界上有关藤田阳希的信息就此消失。
柯南将这份报告翻来覆去看了几遍，越看心越沉。上面最近的一条退学的档案，距今也有两年多了。
北海道和东京时，藤田表现出来的对安室透的信任和亲近不是假的，但能做到这点并不难，不管是欺骗或是故意使其患上斯德哥尔摩都能达到这种效果，他被利用了，或许还经历过药物试验，如今这么多年过去，对方存活的希望……恐怕微乎其微。
意识到这件事后，柯南持续低气压了两天，最后还是被灰原哀一句‘蒙特斯’点醒，重新焕发斗志，誓要把组织击溃——首先就从找到蒙特斯开始。
他觉得那个叫‘安彦葵’的女人就很可疑。
在登上列车之前，柯南曾经问过冲矢昴关于蒙特斯的情报，对方是这么说的。
——“蒙特斯吗？认识，他还是新人的时候就见过了，当时是在美国，上面安排我们三个带新人，不过波本自己全包揽了，他好像对蒙特斯很有兴趣。”
——“之后再见就是在日本，加上苏格兰我们三个一起暗杀一个人，苏格兰的卧底身份就是那时候暴露的，其中想必有蒙特斯的手笔。波本和他的关系一直很好，不过后来决裂了，具体情况我不是很了解，那个时候我已经离开组织了。”
柯南：“他？蒙特斯是男性吗？”
“男性，他似乎会易容，不过只是猜测，很年轻，我见他的那时候还是未成年。”
关系很好、后来决裂、易容、年轻。
安彦葵的嫌疑进一步上升，但那副样子想必也只是易容，后来一查果然没有这个人，于是线索就此断掉了。
柯南头发都掉了好几根，但也没办法，波本任务完成，想必也不会回来了，何况如果对方再出现，他反而要怀疑安室透是不是有别的目的，以至于提心吊胆——后来就真的提心吊胆了。
因为！那家伙！竟然！还在咖啡厅！打工！
甚至连毛利小五郎的学习费都照交不误。
对方一直没表露什么异常，柯南也秉持着一贯的胆大，装